MDS的确切病因至今尚不清楚。有些证据表明，有些人一出生就有形成MDS的倾向。这种情况可视为外部因素引起的开关。如果这种外界因素无法识别，这种疾病被称为原发性MDS。浙大附属第一医院血液病科佟红艳
癌症放疗和化疗是形成MDS。患者采用化疗药物或放射治疗治疗可能治愈的癌症时(例如乳腺癌或睾丸癌、霍奇金病、非霍奇金淋巴瘤)，治疗后长达10年，存在MDS的风险。使用癌症化疗或放疗后形成的MDS，被称为继发性MDS，通常与骨髓细胞的多个染色体异常有关。这种类型的MDS很快就进入了AML。
长期接触特定的环境或工业化学物质，比如苯，也可以触发 MDS。虽然现在苯的使用受到了很高的限制，但是现在还没有明确其他化学物质容易患上MDS，有些职业已经贴上MDS和AML的易患标签，如油漆工、煤矿工、防腐师。目前尚未发现可以导致 MDS 的已知食品或农产品。虽然每天饮酒可能会降低红细胞和血小板计数，但是酒精不能导致 MDS。目前，没有足够的数据证明吸烟可以增加MDS的风险。然而，众所周知，吸烟者患AML的风险是非吸烟者的1.6倍。
患者及其家属往往担心 MDS 是否会传染。目前尚未有证据表明病毒可以引起 MDS；因此，MDS 不会传染给亲人。
MDS 是非遗传性的。事实上，家庭成员（包括兄弟姐妹）同时被诊断为 MDS 的情况是非常罕见的。
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