芒果内部发黑如果没有霉变或异味，通常可以食用。果肉发黑可能是氧化、低温冻伤或成熟过度导致，但若伴随霉斑、酸腐味则可能变质。
芒果切开后果肉变黑最常见的原因是氧化反应。芒果含有酚类物质和多酚氧化酶，当果肉暴露在空气中时，酶促反应会导致颜色变深，这种变化类似苹果切开放久后的褐变现象。氧化变黑的芒果只要果肉质地未软化腐烂，去除发黑部分后仍可安全食用。低温储存也可能导致芒果细胞受损而出现黑斑，这类冻伤仅影响外观，不影响内部安全性。
少数情况下芒果内部发黑需警惕变质。若黑斑处有白色菌丝、绿色霉点或散发酒糟味，说明已滋生霉菌或发酵变质。变质芒果可能产生展青霉素等毒素，食用后可能引发腹痛腹泻。尤其要注意果核周围出现放射状黑丝的情况，这可能是果核腐烂的征兆。购买时按压果蒂处发软、表皮有褐色渗液的芒果，内部变质概率较高。
日常储存芒果建议放在阴凉通风处，成熟后尽快食用。切开后可用柠檬汁涂抹切口延缓氧化，冷藏保存不超过两天。对霉变芒果务必整颗丢弃，避免挖除霉变部分后食用剩余果肉，霉菌菌丝可能已扩散至看似正常的部位。
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