小米椒短期保存适合放冰箱，长期保存更适合常温干燥环境。储存方式主要受存放时间、环境湿度、新鲜度、用途需求、空间条件等因素影响。
冰箱冷藏可延缓小米椒水分流失和霉变，适合1-2周内食用的情况。低温能抑制细菌繁殖，尤其适合潮湿地区或已清洗过的辣椒。但需注意用保鲜袋密封防止串味，避免结霜导致冻伤。若需保持鲜辣口感，冷藏前无须清洗，保留果蒂减少氧化。
常温保存更适合干燥通风环境，可维持辣椒原有风味和脆度。未破损的完整小米椒在阴凉避光处能存放更久，适合批量储存或制作干辣椒。需定期检查剔除软烂个体，竹编筐或牛皮纸袋比塑料袋更利于透气。温度超过25摄氏度或湿度较大时，仍需转入冰箱以防变质。
无论选择哪种方式，储存前都应剔除有伤痕或腐烂的辣椒。大量保存时可先晾干表面水分，分装成小份减少开封次数。若发现霉变需整批丢弃，不可切除霉变部分后食用。短期内不食用的小米椒可洗净晾干后冷冻，延长保存期至数月，但解冻后更适合烹饪而非生食。
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