香菇用淡盐水浸泡后冲洗最干净。淡盐水能有效去除表面杂质和虫卵，淀粉水或淘米水也可辅助清洁，但需注意避免过度揉搓破坏菇体结构。
淡盐水浸泡是清洗香菇的常用方法。将5克食盐溶解于1升清水中，放入香菇浸泡10分钟，盐分能渗透缝隙驱离虫卵，同时中和部分农药残留。浸泡后需用流动水单向冲洗，从菌盖向菌柄方向轻搓，避免反向冲洗导致泥沙嵌入褶皱。淀粉水利用吸附原理可带走表面灰尘，淘米水的弱分解作用有助于软化污垢，但两者去污力弱于盐水，适合对盐分摄入敏感的人群。
少数特殊品种如花菇褶皱较深，可配合软毛刷轻扫菌褶。需警惕用面粉包裹搓洗的方法，虽然去污明显但会破坏香菇多糖等营养成分。臭氧清洗机等设备杀菌效果虽好，但可能氧化香菇中的维生素D前体物质，家庭处理不建议采用。
清洗后的香菇应尽快烹饪，避免长时间浸泡导致水溶性营养素流失。储存时保持菌盖朝下放置可减少二次污染，冷藏不超过3天为宜。对于表面有局部霉斑的香菇，即使清洗后也不建议食用，黄曲霉等毒素耐高温且可能已渗透菌体。日常选购时选择菌盖厚实、褶皱白净的鲜菇能降低清洗难度，有机认证产品农残风险更低。
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