辣椒可以放冰箱冷藏，但不同品种的辣椒对低温的耐受性存在差异。
青椒、彩椒等厚皮辣椒适合冷藏保存。这类辣椒水分含量高，冷藏可延缓水分流失，保存时间可达一周左右。冷藏前无须清洗，用厨房纸包裹后装入保鲜袋，留出透气孔防止凝结水汽。注意避免与苹果、香蕉等释放乙烯的水果同放，乙烯会加速辣椒变质。若发现表面出现凹陷或褐斑，说明已开始腐败，应尽快食用。
小米辣、朝天椒等薄皮辣椒冷藏易冻伤。这类辣椒皮薄肉少，低温会导致细胞破裂出现水浸状斑点，解冻后口感变软。短期保存可擦干表面水分后装入纸袋，放置于冰箱门内侧温度较高区域。长期保存建议洗净晾干后冷冻，使用时直接切碎不需解冻，风味物质流失较少。冷冻保存的辣椒适合炖煮类菜肴，凉拌菜会影响脆度。
辣椒冷藏后维生素C和辣椒素含量会缓慢下降，冷藏3天内营养损失较少。红辣椒中的类胡萝卜素稳定性较好，冷藏对其影响较小。无论采用何种保存方式，都应定期检查辣椒状态，出现霉变需立即丢弃。日常饮食中可搭配洋葱、大蒜等具有天然抗菌作用的食材共同储存，能一定程度抑制微生物滋生。
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