蓝莓咬开后果肉通常呈浅绿色或白色，少数品种可能呈现淡紫色。蓝莓表皮颜色与果肉颜色差异主要与花青素分布有关，成熟蓝莓表皮富含花青素呈现深蓝紫色，但果肉中花青素含量较低。
蓝莓果肉颜色主要取决于品种特性。常见栽培品种如北高丛蓝莓果肉多为半透明浅绿色，这是由于叶绿素未被完全降解所致。部分杂交品种通过基因改良可能使果肉呈现轻微淡紫色，但颜色浓度远低于表皮。果肉颜色与成熟度相关，未完全成熟的蓝莓果肉可能带有更多青色调。
特殊品种如粉红柠檬水蓝莓在特定栽培条件下可能形成粉色果肉，这类品种通过选择性育种强化了果肉中的类胡萝卜素积累。野生蓝莓果肉颜色通常比栽培品种更深，可能与野生环境胁迫导致的次生代谢物积累有关。果实发育过程中光照强度、温差等环境因素也会轻微影响果肉色泽。
蓝莓果肉颜色不影响营养价值，其富含的花青素、维生素C和膳食纤维主要储存在表皮及皮下层。选购时可通过表皮颜色判断成熟度，优质蓝莓应呈现均匀的深蓝色并带有白霜。食用前用流水轻柔冲洗，避免搓揉破坏表皮营养层。新鲜蓝莓果肉质地紧实多汁，若出现褐色变色或软烂则提示已变质。
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