杨梅可用淡盐水浸泡清洗，避免使用洗涤剂或用力揉搓。清洗时需注意去除果蒂残留、虫卵及表面农残，禁忌包括未彻底清洗直接食用、糖尿病患者过量摄入、胃肠功能弱者空腹食用等。
新鲜杨梅表面易附着灰尘和虫卵，建议用流动清水冲洗后浸泡在3%-5%淡盐水中10-15分钟，盐水能促使隐藏的果蝇幼虫浮出。对于农残较多的杨梅，可先用小苏打水浸泡5分钟再冲洗。清洗时保留果蒂处凹陷部位重点处理，该处易藏匿污垢，但不可摘除果蒂以免果肉污染。清洗后需沥干水分，潮湿环境会加速霉变。
杨梅含较多有机酸和果糖，胃肠溃疡患者空腹食用可能刺激黏膜，建议餐后少量食用。其升糖指数较高，糖尿病患者每日摄入量不宜超过15颗。杨梅与高蛋白食物同食可能引发消化不适，建议间隔2小时食用。部分人群对杨梅中水杨酸成分过敏，首次食用应少量测试。杨梅核含有微量氰苷，儿童食用时需去核防误吞。
选购时应挑选手感饱满、颜色均匀的杨梅，表面有白霜属正常现象。储存时保持干燥通风，冷藏可保存2-3天，冷冻可延长至1个月但口感会下降。食用前若发现发酵酒味或霉斑应立即丢弃。杨梅汁液易染色，处理时可佩戴手套。根据中国居民膳食指南建议，每日水果摄入量200-350克为宜，杨梅作为季节性水果需注意适量多样化搭配。
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