小米椒在冰箱冷藏一般可保存7-10天，冷冻可保存1-2个月。保存时间受储存方式、新鲜程度、温度波动等因素影响。
新鲜小米椒用厨房纸包裹后放入保鲜袋冷藏，能减少水分流失和霉变风险。冷藏时避免与高水分蔬菜接触，防止受潮腐烂。完整未破损的小米椒比切开的保存期更长，切开后需尽快使用。冷藏温度建议控制在4℃左右，温度过高易加速腐败，过低可能导致冻伤。定期检查并剔除变软或发霉的个体，可延长整体保存时间。
冷冻保存需将小米椒洗净擦干后装密封袋，排出空气避免冻伤。冷冻后质地会变软，更适合用于烹饪调味而非生食。反复解冻会破坏细胞结构导致口感下降，建议分装小份使用。若发现冷冻后颜色发黑或出现冰晶，可能已丧失风味不宜食用。真空包装能进一步延长冷冻保存期至3个月左右。
小米椒富含辣椒素和维生素C，储存过程中营养会逐渐流失。短期保存可选择阴凉通风处悬挂风干，长期保存可制成辣椒酱或辣椒油。无论采用何种保存方式，出现霉斑、异味或黏滑感时都应丢弃。对于大量采购的小米椒，建议分批次处理以最大限度保留风味和营养。
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