香菇内部发黑若未伴随异味或霉变，通常可以食用。发黑可能是氧化或水分流失导致，但出现霉斑、酸腐味或黏滑质地时应丢弃。
香菇在储存过程中因接触空气会发生氧化反应，菌褶部位易出现自然褐变，这种颜色加深属于正常现象。新鲜香菇的菌盖内部呈浅褐色且质地干燥时仍可安全食用，烹饪前用清水冲洗并切除发硬根部即可。部分品种如花菇本身带有深色花纹，并非变质表现。若整朵香菇均匀变黑且质地保持紧实，可优先用于炖汤等高温烹调方式。
香菇内部出现局部黑斑且扩散迅速，伴有刺鼻霉味或表面渗出黏液，可能已滋生霉菌或细菌。储存于潮湿环境或塑料袋密封的香菇更易腐败，菌褶发黑同时菌柄发黏是变质典型特征。误食变质香菇可能引发胃肠不适，对免疫力低下人群风险更高。购买时应选择菌盖完整、无破损的香菇，冷藏保存不超过5天，冷冻可延长保鲜期。
日常存放香菇建议用纸袋包裹后置于冰箱蔬果层，避免密封袋积水加速腐败。烹饪前检查菌褶是否出现异常颜色或气味，轻微发黑部分可切除后食用，明显变质则整朵丢弃。香菇富含膳食纤维和菌类蛋白，合理储存可最大限度保留营养，变质风险高时建议分装冷冻保存。
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