食盐可以起到一定的抑菌作用，但无法完全替代专业消毒剂。高浓度盐水能通过渗透压破坏部分细菌结构，但对病毒和多数顽固性病原体效果有限。
食盐的主要成分氯化钠在高浓度环境下可改变微生物细胞内外渗透压平衡，导致细菌脱水死亡。日常用盐水漱口或冲洗伤口可抑制口腔和皮肤表面常见细菌，如链球菌和葡萄球菌。实验显示10%以上浓度的盐水对部分细菌繁殖体有抑制作用，但无法杀灭细菌芽孢。这种方法适用于轻微外伤的应急处理，可减少感染概率。
食盐消毒存在明显局限性。新冠病毒、诺如病毒等包膜病毒对盐溶液不敏感，结核杆菌等耐酸杆菌也难以被盐水杀灭。食品防腐使用的腌渍方法需要超过15%的盐浓度且作用时间长达数日，远高于日常消毒的实用浓度。误用高浓度盐水可能损伤黏膜组织，导致伤口愈合延迟。
日常消毒建议优先选用医用酒精或含氯消毒剂，食盐仅作为临时替代品使用。处理生鲜食材时可配合盐水浸泡辅助清洁，但需确保流动水冲洗。皮肤破损消毒后应保持干燥，避免反复用盐刺激。特殊时期可配制3-5%生理盐水用于咽喉清洁，但不可替代口罩防护等防疫措施。重大疫情或严重伤口感染时须及时就医，不可依赖食盐消毒。
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