水果腐烂部分去掉后通常不建议继续食用。腐烂可能由霉菌污染、细菌滋生或氧化反应引起，即使切除可见变质区域，微生物毒素或有害物质可能已扩散至未腐烂部分。
水果局部腐烂时，霉菌菌丝可能已渗透至看似完好的果肉中。常见展青霉素等毒素耐高温且水溶性差，普通清洗或切除无法完全去除。苹果、梨等水果腐烂后产生的展青霉素可能损伤肝脏和神经系统。柑橘类水果霉变后易滋生青霉菌，其毒素可能增加致癌风险。桃子、草莓等软质水果腐烂后细菌繁殖速度快，可能引发急性胃肠炎。
个别情况如香蕉皮局部黑变但果肉完好，或苹果轻微磕碰未滋生霉菌时，切除受损部分后短期内可食用。芒果、牛油果等后熟型水果表皮褐变若未影响果肉质地与气味，去除表皮后仍可安全食用。需注意木瓜等水果腐败时会释放乙烯加速整体变质，即使局部腐烂也应丢弃。
建议选择外观完整、无机械损伤的新鲜水果，现切现吃避免长时间存放。轻度碰伤的水果应优先食用，已腐烂水果建议整颗丢弃。特殊人群如孕妇、儿童或免疫力低下者应严格避免食用任何变质水果，防止食源性疾病风险。日常储存水果时需保持通风干燥，热带水果与温带水果分开存放可延缓腐败进程。
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