根管治疗后咬合痛是否会自愈无法确定，有可能会自愈，有可能不会自愈，需要根据导致咬合痛的原因以及根管治疗的效果来进行分析。具体分析如下：
1、会自愈：根管治疗主要用于急性牙髓炎以及牙根尖炎，可以将牙髓腔内的化脓和坏死组织清除，彻底冲洗干净，然后进行填充。而咬合痛通常和这两种疾病有密切的关系，疾病痊愈后，肿胀和疼痛的感觉也会随之消失。
2、不会自愈：如果根管治疗不彻底，或者在治疗后没有注意对口腔和牙齿的清洁和护理，牙髓腔或者牙根尖反复发炎，那么就还会继续出现咬合痛，即不会自愈，还有可能会加重，甚至伴有其他的症状，如张口困难、无法咀嚼食物等。另外，咬合痛也有可能是其他原因导致的，如牙齿畸形，这种情况即使做根管治疗也无法好转。
根管治疗需要去正规医疗机构的口腔科，由专业的医师进行，如果治疗后还是有咬合痛，则要去医院进行复查以明确原因。
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