甲鱼选择大小需根据烹饪需求和营养摄入决定，体型大的甲鱼肉质更厚适合炖汤，体型小的甲鱼肉质细嫩适合清蒸或红烧。
甲鱼体型差异直接影响口感和营养成分的分布。体型较大的甲鱼生长周期长，甲壳坚硬肉质紧实，胶原蛋白和矿物质含量较高，适合长时间炖煮使汤汁浓稠。这类甲鱼腹甲宽厚，内脏比例相对较小，可食用部分较多，但肉质纤维较粗需要充分烹煮软化。体型较小的甲鱼活动量大肌肉纤维细腻，脂肪沉积较少，蛋白质更易被人体吸收，适合快速烹饪保留鲜嫩口感。其甲壳较薄容易处理，但内脏占比略高需注意清理。
从营养价值角度分析，大甲鱼的裙边部位富含硫酸软骨素和钙质，对关节养护更有优势，而小甲鱼的肌肉组织含有更多支链氨基酸。野生环境下生长的甲鱼无论大小，其微量元素含量普遍高于人工养殖品种。特殊人群需注意，消化功能较弱者更适合食用小甲鱼，术后恢复期患者则建议选择大甲鱼熬制滋补汤品。
挑选甲鱼时建议观察背甲光泽度和腹部弹性，活体甲鱼眼球突出有神为佳。烹饪前需用温水浸泡去除表面黏液，搭配山药或枸杞能提升滋补效果。食用时控制频率，每周不超过两次，痛风患者应避免饮用甲鱼汤。购买后若不能立即食用，可清理内脏后冷冻保存但不宜超过一个月。
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