辣椒适合冷藏保存，但未完全成熟的青椒可短期常温存放。保存方式主要取决于辣椒成熟度、环境温湿度及使用需求。
辣椒冷藏能有效延缓腐败，尤其适合红椒、彩椒等完全成熟的品种。冷藏温度控制在5-8摄氏度最佳，需用保鲜袋密封防止失水。成熟辣椒在常温下会快速变软腐烂，冷藏可延长保鲜期至两周左右。注意冷藏前无须清洗，表面水分会加速霉变，若发现局部腐烂应立即取出避免污染其他食材。
未完全成熟的青椒短期可放阴凉通风处，常温有助于后熟提升甜度。但超过三天未食用需转入冷藏，高温环境易导致皱缩变质。整根保存比切块更耐储存，切口会加速氧化变质。冷冻保存虽能长期存放，但解冻后质地变软，仅适合后续炖煮用途。
日常保存辣椒建议根据烹饪计划分批处理，近期食用可常温催熟，大量囤货优先冷藏。避免与乙烯释放量大的水果同放，定期检查剔除变质个体。不同品种混合存放时，需用独立容器分隔防止串味，皱皮椒等薄皮品种建议包裹厨房纸吸潮。切开未用完的辣椒需用密封盒冷藏并尽快使用，营养流失速度会显著加快。
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