新鲜蘑菇放冰箱十来天后若未出现变质通常可以食用，但出现发黏、变色或异味时不可食用。蘑菇保存时间受储存方式、品种和初始新鲜度影响。
新鲜蘑菇在冷藏环境下水分会逐渐流失，菌盖可能变软但未产生有害物质。未拆封的真空包装蘑菇保存时间更长，表面干燥无斑点的可切除局部后烹饪。瓷盘垫厨房纸密封保存的蘑菇若冷藏温度稳定，部分品种如口蘑、杏鲍菇可能维持可食用状态。
蘑菇表面出现黏液或菌褶发黑表明微生物大量繁殖，即使高温烹煮也可能存在安全隐患。塑料袋密封的蘑菇易积聚冷凝水加速腐败，尤其含水量高的平菇、金针菇超过一周后风险显著增加。伴有酸腐气味的蘑菇可能已产生霉菌毒素，须整颗丢弃不可局部去除。
日常储存蘑菇建议用透气纸袋包裹后置于冰箱蔬果格，避免挤压或密封。烹饪前检查菌柄是否中空、菌盖是否开裂，短期不食用的蘑菇可焯水后冷冻保存。不同品种蘑菇耐储性差异较大，草菇等易腐品种建议3天内食用完毕，而香菇、茶树菇冷藏可适当延长。出现任何质地异常都应停止食用，胃肠敏感人群更需谨慎。
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