切开的柠檬在常温下通常可以存放1-2天，完整的柠檬可保存1周左右。实际存放时间受温度、湿度、表皮完整度等因素影响。
完整的柠檬表皮含有天然抗菌成分，在阴凉通风处可减缓水分流失。夏季高温环境下，建议缩短至3-4天。若表皮出现皱缩或局部软化，说明已开始变质。未切开的柠檬可装入透气的网袋悬挂保存，避免与其他水果接触催熟。
切开后的柠檬因失去表皮保护，果肉易氧化滋生细菌。室温存放需用保鲜膜紧密包裹切口，避免接触空气。若发现果肉颜色变深、散发发酵气味或表面出现黏液，应立即丢弃。夏季建议切开后8小时内食用完毕，或改冷藏保存。
柠檬保存期间应定期检查状态，避免与香蕉、苹果等释放乙烯的水果共同存放。长期保存建议制成柠檬干或冷冻柠檬片，冷冻可延长保鲜期至3个月。食用前需观察是否有霉斑或异味，变质柠檬可能含有展青霉素等有害物质，不可再用于泡水或烹饪。
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