小米椒在常温下通常可保存3-5天，冷藏可延长至1-2周，冷冻保存可达3个月以上。保存时间受储存方式、环境湿度、新鲜度等因素影响。
新鲜小米椒在室温通风处存放时，需避免阳光直射和潮湿环境，否则易发霉变质。完整无破损的果实保存时间更长，若表面出现软烂或黑斑需立即丢弃。冷藏保存建议用厨房纸包裹后放入保鲜袋，减少水分流失和冷害。冷冻前可洗净擦干后整颗密封，或切碎分装，使用时无需解冻直接烹饪。
若小米椒已切碎或制成辣椒酱，冷藏保存时间缩短至3-5天，因切口易滋生细菌。腌制或泡制的小米椒因高盐高酸环境可保存1-2个月，但需确保容器消毒且密封良好。干燥处理的小米椒粉在避光密封条件下能保存6个月以上，但风味会逐渐减弱。
建议根据使用频率选择保存方式，少量多次购买更新鲜。储存期间定期检查状态，出现异味、霉变立即停止食用。日常可将小米椒与其他食材搭配制作成辣椒油、泡椒等延长保质期，同时注意生熟分开避免交叉污染。冷冻保存的小米椒适合炖煮类菜肴，能较好保持辣味和色泽。
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