绿豆长出来的芽是茎而非根。绿豆发芽时最先突破种皮的是胚根，但日常食用的绿豆芽白色部分主要是下胚轴和幼茎，真正的根通常被剔除。
绿豆发芽过程中，胚根会首先向下生长形成主根，但这一部分通常在食用前已被去除。市场上常见的绿豆芽白色细长部分由下胚轴发育而来，属于茎的变态结构，具有输送水分和养分的功能。随着光照条件变化，顶端会逐渐长出两片绿色子叶和真叶，进一步证实其茎的特性。
若绿豆芽在无光环境中持续生长，下胚轴会过度伸长且不产生叶绿素，形成常见的黄白色豆芽。若暴露在光照下，茎部会缩短变绿并展开叶片，此时根须可能同时发育但较为纤细。从植物学角度，茎与根可通过是否有节和芽、是否长根毛等特征区分，绿豆芽明显符合茎的结构特点。
日常食用绿豆芽建议选择茎部饱满、根部短小的新鲜产品，避免购买有褐变或异味的产品。绿豆芽富含维生素C和膳食纤维，适合凉拌或快炒以保留营养，胃肠功能较弱者需彻底加热。自发绿豆芽时需注意容器消毒和避光保湿，避免霉菌污染影响食用安全。
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