鸡蛋表皮脏可以用清水冲洗后擦干或使用食品级清洁剂处理。鸡蛋表面可能附着粪便、泥土或细菌，正确处理能减少污染风险，但需避免过度清洗破坏蛋壳保护膜。
鸡蛋表面污物多为鸡粪、饲料残渣或环境粉尘，直接接触可能携带沙门氏菌等致病微生物。流动清水冲洗是最安全的方式，水温建议略低于鸡蛋温度防止热胀冷缩导致细菌渗入。清洗时可用软布或海绵轻柔擦拭，重点清理气孔周围污渍，冲洗后立即用厨房纸吸干水分。市售食品级蛋类清洁剂含弱酸性成分，能分解有机污垢且残留量低，适合批量处理。若蛋壳有明显裂纹或已清洗后存放超过两天，建议充分加热至蛋黄凝固再食用。
部分养殖场采用涂油工艺替代水洗，矿物油膜可封闭气孔阻隔细菌，此类预清洁蛋无须二次处理。传统土鸡蛋壳膜较厚但孔隙更多，污物易渗入壳内，若发现蛋液混浊或异味应丢弃。散装蛋运输中可能沾染禽类分泌物，接触后需彻底洗手并消毒容器。冷藏保存的鸡蛋取出后表面可能结露，潮湿环境会加速细菌繁殖，擦干后尽快使用。
日常存放鸡蛋应尖端朝下减少气室接触污染物，清洗后的蛋建议一周内食用完毕。烹饪前再次检查蛋壳完整性，打蛋时避免蛋壳碎屑混入食物。儿童、孕妇及免疫力低下者建议选择灭菌蛋或全熟蛋制品，处理生蛋后需用肥皂水清洁厨具和台面，生熟食材分开放置可降低交叉感染风险。
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