豆芽菜的根须一般是可以食用的，但建议根据豆芽种类和烹饪方式决定是否保留。黄豆芽、绿豆芽的根须较细嫩，通常不影响口感；而部分粗根豆芽的根须可能带有苦涩味，需去除。
豆芽菜根须含有一定膳食纤维和植物活性成分，如黄豆芽根须中的大豆异黄酮含量高于茎部。根须部分在传统中式烹饪中常被保留，尤其在快炒或凉拌时能增加脆爽口感。但工业化生产的豆芽可能因生长环境存在根部污染风险，需充分清洗。部分特殊品种如黑豆芽的根须较硬，直接食用可能影响消化，老人或胃肠功能较弱者可选择去除。
部分地方菜系会刻意保留根须以增强菜肴形态完整性，如川菜水煮豆芽。日本料理中黄豆芽根须常被用作味噌汤配料以提升鲜味。若发现根须发黄、变软或带有异味，则可能因储存不当导致腐败，需整株丢弃。有机栽培的豆芽根部洁净度较好，更适合连根食用。
处理豆芽时建议用流水反复冲洗根部，去除可能附着的培养基残渣。脾胃虚寒者可将豆芽焯水后去根食用，消化功能正常的人群可尝试保留根须获取更多营养。无论是否食用根须，都应注意豆芽需彻底加热，避免生食可能引发的细菌感染。日常储存应将豆芽冷藏并尽快食用，防止根部腐坏影响整株品质。
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